A szervezetben a klór leginkább a sejteken kívüli vízterekben és a gyomorsavban fordul elő legnagyobb arányban. A gyomorsavban a sósav alkotórészeként az emésztés munkáját segíti és készíti elő. A sejteken kívüli terekben a nátrium– és a káliumionokhoz kötődik.